À l'origine, l'ensemble du Japon était couvert de forêts. Aujourd'hui encore, les deux tiers du territoire sont formés de vastes étendues boisées. C'est la conséquence de plusieurs influences : le bouddhisme a proscrit l'abattage des animaux et freiné l'élevage, le culte shinto a décrété que les montagnes et les forêts étaient sacrées, les shoguns ont voulu préserver leurs terrains de chasse et empêcher l'érosion des sols.
D'où cette admiration et ce respect des japonais vis-à-vis de leurs forêts. Celles-ci sont constituées de conifères auxquels se mêlent d'autres espèces variant selon les régions : feuillus toujours verts au sud et à l'ouest (chênes verts, camélias, magnolias), chênes, hêtres, érables à Honshu et au sud de Hokkaido, frênes, bouleaux dans Hokkaido.
Le pin rouge, utilisé pour la pâte à papier, se multiplie à la faveur du reboisement. Une centaine de variétés de bambous, géants ou nains, poussent sur tout l'archipel.

Le Japon compte deux fois plus d'espèces d'arbres que l'ensemble de l'Europe. Certains arbres sont particulièrement recherchés : le ginkgo, venu du fond des âges, pour l'ornement et pour ses fruits ; le sugi (cryptomère du Japon), pour fabriquer les boîtes de cadeaux; le kiri (paulownia), pour les meubles ; le hinoki (cyprès du Japon), pour construire les maisons ou les temples ; et l'urushi (famille, des anacardiacées) dont la sève est utilisée pour produire la laque.
Les fleurs émerveillent également les Japonais : ils entrevoient la fin de l'hiver avec les fleurs de pruniers, puis avec les daphnées blanches. Ils fêtent le printemps sous les fragiles fleurs de cerisiers, puis ils admirent en avril les glycines, les pivoines et les azalées, en juin les iris et en août les fleurs de lotus ; enfin ils célèbrent la fin de l'automne avec les chrysanthèmes, la fleur de la famille impériale.

Le Japon continue d'héberger toutes sortes d'animaux sauvages. Hokkaido est le domaine des ours bruns, belettes, hermines, visons, grues tsuru, phoques ou morses... La région centrale (Chubu), Shikoku et Kyushu abritent sangliers, cerfs, renards, fouines et ses blaireaux (tanuki) que les Japonais adorent. Kyushu est fier de ses singes et de ses tortues de mer géantes. Okinawa redoute le habu, un serpent venimeux. La mer fournit aux habitants une grande partie des poissons qui constituent la base de leur nourriture : dorades, maquereaux, chinchards, mulets, sardines et surtout thon...