Le Japon couvre une superficie de 375'000 km2. C'est un archipel d'un millier. Mais les quatre îles principales, Kyushu, Shikoku, Honshu et Hokkaido, représentent 98% de la superficie totale. Hokkaido (83'000 km2) est à peu près de la taille de l'Irlande. Cette île est couverte de forêts et de pâturages et est faiblement peuplée.          

               
Honshu (231000 km2) est plus étendue que la Grande-Bretagne et se divise en plusieurs régions naturelles. Le Nord-Est (Tohoku) a longtemps fait fonction de grenier du pays. Le Kanto, autour de Tokyo, est fortement urbanisée. Le Chubu, région centrale, est divisé en deux par les Alpes japonaises . Le Hokuriku, froid et désolé, sur la mer de l'Est (les Japonais la nomment "mer du Japon" malgré les faits historiques qui contredisent la légitimité de cette appellation), est la zone rizicole la plus étendue.

Le Tokai, en bordure du Pacifique, est très peuplée et industrialisée.
Les plaines du Kansai forment le second pôle culturel et économique du pays avec le Kanto. Le Chugoku, partie occidentale de Honshu, est très développé sur la rive ensoleillée de la mer Intérieure et plus agricole sur la côte découpée de la mer de l'Est.

Shikoku (19'000 km2)cette île aux rives montagneuses accueille une agriculture spécialisée servant de base à l'industrie.
L'île de Kyushu (42'000 km2). Royaume
des volcans et des sources chaudes. Elle est partagée entre un Nord industrialisé et un Sud encore très agricole.
Okinawa, dans l'archipel des Ryukyu à 685 km du sud de Kyushu, bénéficie d'un climat subtropical et a peu de points communs avec le reste du pays.

Avec ses 3 776 m, le mont Fuji est le plus haut sommet du pays. Plus d'une vingtaine de sommets des Alpes japonaises dépassent 3 000 m. Rien d'étonnant au fait que la majorité de la population soit concentrée sur deux régions : la vaste plaine du Kanto et celle du Kansai autour d'Osaka. Les zones habitables ne se trouvent ainsi que le long du littoral, lequel mesure environ 30'000 kilomètres.